Dua belas tahun setelah proklamasi kemerdekaan 1945, tepatnya di tahun 1957, pemerintah menyerahkan gedung Museum Batavia Lama kepada Lembaga Kebudayaan Indonesia. Namanya pun diubah menjadi Museum Jakarta Lama, yang kemudian menjadi Museum Jakarta pada 1 Agustus 1960. Pada akhirnya Museum Jakarta kemudian diserahkan kepada Pemerintah Provinsi DKI Jakarta pada tahun 1968 untuk dijadikan Museum Wayang. Tujuh tahun kemudian, Gubernur DKI Jakarta, Ali Sadikin, meresmikan dibukanya Museum Wayang pada tanggal 13 Agustus 1975.
