Em que pese as semelhanças entre ambas, a ação direta de inconstitucionalidade por omissão e o mandado de injunção são diferenciados a partir de seis critérios.
Quanto à natureza jurídica, a ação direta de inconstitucionalidade por omissão é um instrumento de provocação da jurisdição constitucional concentrada, tal como a ação direta de inconstitucionalidade genérica (art. 102, inc. I, a, initio), ação declaratória de constitucionalidade (art. 102, inc. I, a, in fine), ação direta de inconstitucionalidade interventiva (art. 36, inc. III, initio) e arguição de descumprimento de preceito fundamental (art. 102, § 1º), enquanto o mandado de injunção é um remédio constitucional, tal como o habeas corpus (art. 5º, inc. LXVIII), mandado de segurança, individual e coletivo (art. 5º, incs. LXIX e LXX), habeas data (art. 5º, inc. LXXII), ação popular (art. 5º, inc. LXXIII) e ação civil pública (art. 129, inc. III), todos da CRFB.