Etiologi thyroiditis dapat berupa penyakit autoimun seperti thyroiditis Hashimoto, thyroiditis limfositik subakut, atau thyroiditis postpartum subakut, atau berupa infeksi bakteri/virus/fungi seperti pada thyroiditis granulomatosa subakut atau thyroiditis akut supuratif. Selain itu, terdapat juga etiologi iatrogenik seperti terapi radiasi dan obat seperti amiodarone, lithium, inhibitor tirosin kinase, dan checkpoint inhibitor.