Penatalaksanaan thyroiditis ditentukan sesuai etiologinya. Pada thyroiditis akut akibat infeksi bakteri, penatalaksanaan meliputi antibiotik, sedangkan pada thyroiditis subakut akibat infeksi virus, penatalaksanaan umumnya hanya bersifat simtomatik karena penyakit bersifat self-limiting. Pada thyroiditis jenis lainnya, tata laksana dapat berupa observasi, terapi medikamentosa, atau pembedahan sesuai perjalanan penyakit.