Se caractérise pas une inflammation de la paroi de la muqueuse d'une partie du système digestif lié à une hyperactivité du système immunitaire digestif. Les manifestations cliniques dépendent de sa localisation sur les différents segments du tube digestif (intestin grêle, colon, rectum, anus). Une hypothèse décrit que l'inflammation serait due à un déséquilibre dans la composition de la flore intestinale qui, face à des facteurs génétiques, environnementaux, jouerait un rôle dans l'initiation, le maintien et la sévérité de l'inflammation. Cette inflammation provoque un rétrécissement du segment intestinal atteint (sténose), ce qui provoque des douleurs et des diarrhées. En fonction de l'étiologie, elle peut également aller jusqu'à l'occlusion, l'abcès ou encore la fistule.