Sus funciones se extienden a todo lo relativo al gobierno, la administración, la justicia, la guerra y la religión, considerándose siempre como instancia suprema. En materia de justicia, el Consejo actuará como tribunal supremo tanto en lo civil como en lo criminal. En lo militar, le incumbe la disposición de las armadas que protegían a las flotas, así como la defensa y fortificación de las costas americanas.