Penggunaan EDI dalam transaksi tanpa menggunakan dokumen berbahan kertas akan semakin luas. Perubahan sistem ini bukannya tanpa risiko, namun akan muncul risiko hukum, manajemen, teknologi, dan risiko komunikasi data. Dari sisi pengauditan, akan menambah risiko audit terutama risiko pengendalian, yang antara lain risiko keabsahan dokumen elektronik, keamanan data elektronik, keamanan komunikasi data, keamanan kontrak kerja dengan perusahaan provider EDI dan antar pihak pengguna, dan jaminan interkoneksi yang memadai antar pihak yang ada dalam sistem EDI.