En teoría, cualquier microorganismo (como los que se usan en la fermentación y los patógenos) que se multiplica en un alimento hasta alcanzar un alto nivel de población (nivel en que es detectable la descomposición) tiene la capacidad de descomponer dicho alimento. Sin embargo, en la realidad sólo se han identificado ciertas especies bacterianas de diversos géneros como las principales causantes de la descomposición de la mayoría de los alimentos. Lo anterior depende de las características de las bacterias, de los alimentos y de las condiciones de almacenamiento. La influencia de estos factores en la determinación de las bacterias que serán predominantes en la descomposición de un alimento se expone brevemente en la siguiente sección, que no incluye los patógenos.
Las bacterias psicrotróficas constituyen especies capaces de prosperar a 5°C o menos, pero se multiplican con más rapidez a 10 a 25°C o temperaturas más altas. Muchos alimentos se almacenan en hielo (frío) y en refrigeradores, y se espera que algunos tengan una vida útil prolongada (50 días más). Entre el procesamiento y el consumo, pueden estar a temperaturas incluso de 10°C o mayores. Las bacterias psicrotróficas (así como las levaduras y mohos que son psicrotróficos causan la descomposición de esos alimentos. Si éstos se almacenan bajo condiciones aeróbicas, serán predominantes las bacterias aeróbicas psicrotróficas. En los que son almacenados en condiciones anaeróbicas (también en el interior de alimentos procesados) será mayor el predominio de las bacterias facultativas anaeróbicas.