Las células que entran y abandonan la línea primitiva, en su zona más posterior, cuando ésta comienza a elongarse,forman el mesodermo extraembrionario que reviste el trofoblasto y el saco vitelino, así como también los islotes sanguíneos. Otra oleada de mesodermo, que surge más tarde y más anterior en la línea primitiva, es responsable de la formación del mesodermo paraaxial, la placa lateral y el mesodermo cardíaco. Finalmente, otra oleada, entra y abandona el extremo más anterior de la línea primitiva, dando lugar a estructuras axiales (la notocorda, la placa precordal y el nódulo primitivo) y también el endodermo
embrionario.
Desde el inicio de la gastrulación las células del epiblasto comienzan a producir ácido hialurónico, que se introduce en el espacio que queda entre el epiblasto y el hipoblasto su efecto es el de impedir la agregación de las células mesenquimatosas durante la migración celular
En el momento en el que el mesodermo ha formado una capa bien definida en el embrión humano, la capa germinal superior (resto del epiblasto inicial) se denomina ectodermo, mientras que la germinal inferior, que ha desplazado al hipoblasto original se conoce como endodermo