La Coordinación Nacional de PROSPERA (CN) tiene como objetivo formular, coordinar, dar seguimiento, supervisar y evaluar la ejecución del programa. Asimismo, propondrá estrategias y acciones para mejorar la educación, la salud, la alimentación, la generación de ingresos y el acceso a los derechos sociales establecidos en la Ley General de Desarrollo Social (LGDS). Está formado por un Consejo, un coordinador nacional y un comité técnico. El Consejo estará integrado por los titulares de las secretarías de: SHCP, SEDESOL, SE, SAGARPA, SEP, SS, STPS, CN e IMSS. Los titulares de las dependencias referidas nombrarán a sus respectivos suplentes, quienes deberán tener nivel jerárquico no inferior al de subsecretario