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SOLUÇÃO DE PROBLEMAS EM BIOINFORMÁTICA - Coggle Diagram
SOLUÇÃO DE PROBLEMAS EM BIOINFORMÁTICA
Como descobrir se o sequenciamento deu certo?
garantir que a transferência de dados ocorra da maneira correta
pode ocorrer perda de dados durante o download
Md5Checker
FastQC
número de sequências geradas
qualidade das sequências
tamanho das sequências
Fazer um Blast
pegar uma sequência de DNA e comparar em um banco de dados
Sempre trabalhar com o sistema LINUX
gerenciamento de memória mais eficiente
Windows não está preparado para trabalhar com grandes volumes de dados
O que é um genoma bem montado?
aquele que foi fechado ponta a ponta
possível para procarioto
pouco provável para eucariotos
genomas grandes
Software BUSCO
avalia a completude do genoma
métrica para avaliar a qualidade
Alinhamento
selecionar sequências e posicioná-las para colocar nas mesmas colunas as regiões que são conservadas
Software MEGA
alinhamento sem correspondência
fazer o reverso complementar