CoRGI

Groupe d'expérience

un gène

une expérience

une liste de gènes

Liste des profils

liste des expériences

liste des profils

Nombre de gènes par profil

Pour chaque profil

ANALYSES

paramètres

Stringence

Probabilité sur gène

Probabilité sur expérience

corgi

tabSelExp

selectCorgi

Matrice

Sous ensemble de la matrice de départ contenant les les gènes d'une expérience donnée et dans un sens donné

tabGauss

selH0

Selection des individus en fonction de H0
Résultat : liste des individus sélectionnés
Définition de la stringency
Si elle est inférieur au minimum autorisé, alors elle prend la valeur de 10/Pi0

appG

impress

graph.CoRGI

couleur.CoRGI

Test statistique :
Hypothèse de départ : l'individu appartient à la population d'intérêt.
Rejet de H0 = l'individu ne se comporte pas comme les autres individus dans la population d'intérêt
Approximation Gaussienne :
( X - n*pi0 ) / sqrt( n*pi0 * (1-pi0) ) < -1.64
-1.64 est la valeur cumulative de la loi normale pour une probabilité de 0.05
ce nombre peut être obtenu avec qnorm(0.05)

Calcul de l'approximation gaussienne
(x-(n*pi0))/sqrt(n*pi0*(1-pi0)) - qnorm(qn)

Tri des données en fonction de la stringence

Stats sur les résultats :
nombre de gènes conservés
nombre d'expériences conservées

Plot des résultats

Définition des couleurs en fonction dalton T/F

itération