CoRGI
Groupe d'expérience
un gène
une expérience
une liste de gènes
Liste des profils
liste des expériences
liste des profils
Nombre de gènes par profil
Pour chaque profil
ANALYSES
paramètres
Stringence
Probabilité sur gène
Probabilité sur expérience
corgi
tabSelExp
selectCorgi
Matrice
Sous ensemble de la matrice de départ contenant les les gènes d'une expérience donnée et dans un sens donné
tabGauss
selH0
Selection des individus en fonction de H0
Résultat : liste des individus sélectionnés
Définition de la stringency
Si elle est inférieur au minimum autorisé, alors elle prend la valeur de 10/Pi0
appG
impress
graph.CoRGI
couleur.CoRGI
Test statistique :
Hypothèse de départ : l'individu appartient à la population d'intérêt.
Rejet de H0 = l'individu ne se comporte pas comme les autres individus dans la population d'intérêt
Approximation Gaussienne :( X - n*pi0 ) / sqrt( n*pi0 * (1-pi0) ) < -1.64
-1.64 est la valeur cumulative de la loi normale pour une probabilité de 0.05
ce nombre peut être obtenu avec qnorm(0.05)
Calcul de l'approximation gaussienne(x-(n*pi0))/sqrt(n*pi0*(1-pi0)) - qnorm(qn)
Tri des données en fonction de la stringence
Stats sur les résultats :
nombre de gènes conservés
nombre d'expériences conservées
Plot des résultats
Définition des couleurs en fonction dalton T/F
itération