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目前實驗, 金博士, 我的修正, 組3D, 小球樣本, microscopic OPT in vivo, flat, dark field處理是次之…
目前實驗
金博士
系統偏差: delta r
sinogram是直線,但是重組出一個圓環
proj不對
正確: (theta, z, x)
金博士判斷應該是: (360,1344,1024)
tomopy.find_center
init務必要設定
tomopy的範例整個過程從頭到尾都是對proj,做處理
sinogram旁邊的雜訊要砍掉
sinogram旁邊不可以有斷點
我的修正
proj 修正
看reconimage array size 正確嗎?
正確了: 1024
系統偏差delta r 修正
做出一個模擬sine曲線
如何輸出影像
這是只有show的時候嗎?
cmap
灰階調整
組3D
碩論
缺圖; data
calibration light sheet
移動x軸,做
較大顆的小球
0.9度取一圈; 1micron小球
1 度取一圈,thin light sheet
常問問題???
180度重組呢
驗證
不用再重做一次
sampling rate 問題
為什麼不用平行光
optical sectioning
根據飽學長:
光學切片係指利用光學的方法使偵測訊號限制於某特定平面,''屏除觀測平面之外(應該是DOF)的背景訊號''
,非侵入性地擷取切片影像,並且大幅提升影像解析度和對比度。
驗證
isotropic
sinogram修正
斷點補齊
內插:
bspline
near-neighbor
立方內插
雙線性內插
PIL.Image
此問題乃recover image
學姊feedback
一度一度取image,會有sampling rate問題
附加資料
同一個高度比較
light sheet z stack 的 XZ 圖
修正後的重組圖
更改資料
beer's law變成螢光訊號
工具
imagej
3D viewer
它看的到負contrast
Scanning Method
theta = 1, 360images
Solution
Try
image resolution and deconvolution in optical tomography
使用PSF解決目前3D data的範圍限制
3D data前處理
確認light sheet beam waist
計算出光學均勻切片範圍
1 more item...
beam waist = 12micron
1 more item...
deconvolution
小球樣本
15micron 待確認
某一個Z深度過曝
microscopic OPT in vivo
Data acquisition and 3D reconstruction
500 images (rotation) in 0.72degree
Bright light image data???
predict sinogram trajectory
filter backprojection 'Hann-Filter' with inverse Radon transform
flat, dark field處理是次之
因為這是會影響sinogram上面有小雜訊問題
或是不要find_center
直接做tomopy.recon,center自己訂
<PS>
這裡的init和center都是在x座標
z resolution
reconimage可行性
init = 503.515