METODO INTERGOVERNATIVO
Le caratteristiche menzionate, inizialmente, erano del tutto assenti nell'ambito del secondo e terzo pilastro. Soltanto con il Trattato di Amsterdam e con quello, più recente, di Nizza erano state apportate modifiche alla disciplina dei pilastri non comunitari, nel senso di una loro parziale comunitarizzazione, anche se permangono importanti differenze in ordine al
ruolo del Consiglio che aveva il potere di adottare veri e propri atti, le "strategie comuni", in ossequio a quanto disposto dal Trattato in riferimento al settore della Politica estera e di sicurezza comune.
al Parlamento europeo che veniva consultato in maniera limitata e aveva un ruolo del tutto marginale nell'adozione degli atti
La Commissione benché in virtù dell'articolo 27 TUE fosse "pienamente associata ai lavori settore della politica estera di sicurezza comune, tuttavia condivideva il potere di fare proposte di atti normativi con gli Stati membri.
Le ragioni delle differenze tra il metodo cd. comunitario e quello intergovernativo ed il loro impiego, risiedevano nelle materie oggetto dei tre pilastri in relazione alle quali gli Stati hanno sempre assunto un diverso atteggiamento circa la propria volonta di cedere parte della sovranità alle istituzioni dell'Unione.