As algas pardas podem apresentar um ou vários cloroplastos e os pigmentos fotossintéticos são clorofila do tipo a e c, que geralmente mascaram-se em presença dos carotenoides, com o principal deles, a fucoxantina, ocorrendo em grande quantidade e que confere a cor marrom-dourada, como em crisófitas e diatomáceas; a xantofila, outro carotenoide, confere a cor marrom-escura ou verde-oliva.