Estas situações, entre outras dificuldades, levaram à extinção do Estado do Maranhão em 9 de julho de 1774. As suas antigas capitanias ficaram subordinadas ao Vice-rei do Brasil, com sede no Rio de Janeiro.
Ao mesmo tempo, a expulsão dos Jesuítas, promovida por Pombal, fez desorganizar a atividade da coleta das drogas do sertão na Amazônia.