Процесс организации и планирования интеграционного тестирования во многом схож с процессом организации модульного тестирования. Однако интеграционное тестирование имеет ряд организационных особенностей, перечисленных ниже.
На этапе планирования разрабатывается концепция и стратегия интеграции - документ, где описан общий подход к определению последовательности, в которой должны интегрироваться модули. Как правило, концепция основывается на одном из видов интеграции, рассмотренных выше (например, на нисходящей), но учитывает особенности конкретной системы (например, вначале должны интегрироваться компоненты работы с базой данных, затем пользовательского интерфейса; затем интерфейсные компоненты и компоненты работы с БД интегрируются вместе).