Enquanto esteve presente no Brasil, D. João VI envolveu-se diretamente em questões territoriais com nações vizinhas e territórios vizinhos dominados por nações estrangeiras. Primeiramente, houve a invasão da Guiana Francesa, realizada em 1809. D. João VI ordenou essa ocupação, junto com tropas inglesas, como represália à ocupação de Portugal pelos franceses. A presença lusitana na Guiana Francesa estendeu-se até 1817, quando essa região foi devolvida para a França após a derrota de Napoleão.