I fiumi hanno un corso breve e irregolare.I principali fiumi sono: il Danubio(nasce nella Foresta Nera in Germania, sfocia nel Mar Nero e forma un confine tra la Romania e la Serbia e tra la Romania e la Bulgaria),la Drina(nasce in Montenegro, sfocia nel fiume Sava e segna un confine tra la Bosnia ed Erzegovina e la Serbia), il Drin (nasce nel lago Ocrida,in Albania,sfocia nel Mar Adriatico e crea un confine tra l'Albania e la Macedonia), il Vadar(che nasce in Macedonia e sfocia nel Mar Egeo) e l'Aliacmon(nasce nella catena montuosa del Pinto, attraversa quasi tutta la parte a nord della Regione e facilita l'agricoltura con le sue acque.