En el colon los miembros del grupo Bacteroides fragilis son dominantes junto con especies de Parabacteroides, Fusobacterium, Alistipes, Anaerobiospirillum, Desulfovibrio, Odoribacter, entre los bacilos gram negativos anaerobios estrictos; y Eubacterium, Bifidobacterium, Lactobacillus, Peptostreptococcus, Coprococcus y Ruminococcus entre los organismos anaerobios y facultativos gram positivos. Dentro de los bacilos gram-negativos aerobios predominan las enterobacterias, particularmente Escherichia coli.