Si el ayuno se prolonga en el tiempo, los procesos metabólicos van cambiando en sus características cualitativas y cuantitativas, de manera que se modifican los productos energéticos consumidos (glucosa, ácidos grasos libres y cuerpos cetónicos), disminuye globalmente su oxidación y tras la depleción inicial de glucógeno hepático y muscular y el catabolismo proteínico, la fuente principal de glucosa es el hígado mediante la gluconeogénesis. Los sustratos provienen inicialmente del catabolismo proteínico y la lipólisis, pero más adelante la destrucción proteínica se ralentiza, maximizándose la lipólisis.