La questione dei Moriscos probabilmente convince Filippo II a prestare ascolto al Papa, Pio V Ghisleri, che da tempo ha fatto appello agli Stati cristiani perché si uniscono contro la minaccia ottomana. Le minacce turche iniziano nel 1565 quando i turchi attaccano Malta, difesa, tutta via, con successo dei cavalieri nell'ordine di San Giovanni che scacciati da Rodi nel 1522 vi si sono insediati nel 1530. Nel 1570 poi turchi attaccano Cipro sotto il dominio veneziano e la conquistano l'anno dopo le circostanze dunque danno forza all'appello del Papa così che nel 1571 viene stabilito un accordo tra il Papa, Filippo II e la Repubblica di Venezia in cui poi aderiscono anche la Repubblica di Genova i ducati di Savoia toscana l'ordine di malta, finalizzata a costruire una lega Santa che armi una flotta per attaccare la Marina ottomana e liberare il Mediterraneo dei turchi.
7 ottobre del 1571 la flotta della lega Santa comandata da Giovanni d'Austria fratellastro di Filippo II, ingaggia il combattimento con le navi ottomane al largo delle coste greche, Lepanto nel Golfo di Patrasso, ottenendo una clamorosa vittoria. In Europa l'evento viene celebrato con grandissimo entusiasmo, poiché sembra segnare una svolta nel confronto con l'Islam ottomano. Si fanno piani di possibili attacchi per riprendere Cipro, addirittura espugnare Istanbul che poi però non vengono attuati. Alla vittoria non seguono altre azioni militari di rilievo, poiché la Repubblica di Venezia preferisce il sfilarsi della lega e trovi una pace sparata, con la quale pur rinunciando a Cipro ottiene dei turchi garanzie franchigie per la propria flotta mercantile
1574 gli Ottomani riescono a riconquistare Tunisi. Tuttavia nel 1580 Filippo II riuscì a siglare un accordo di pace con i turchi, impegnati sul fronte orientale con l'impero contro i persiani. La fine della nuova crociata il Mediterraneo non è più sicuro di prima è un mare solcato da convogli di pirati sia musulmano sia cristiani. Come già accade da molto tempo si razziano merci ma si fanno anche prigioniere persone di altre confessioni, per venderle sui mercati dei paesi cattolici agli armatori delle galere o a chi cerca servi per la casa oppure se i mercati ottomani a coloro che vogliono dei servitori magari delle donne bianche da destinare gli harem