Na Medvednici se nalazi mnogo šišmiša. U Parku ih je 24 vrste, od kojih je 7 na popisu vrsta Natura 2000, a jedna je nacionalno važna. Njihov stanište su špilje, napušteni rudnici, kamenolomi, duplje drveća i potkrovlja kuća. U špilji Veternici je zabilježen život prije 45 000 godina kada je bila sklonište neandertalcima, a danas u njoj obitavaju šišmiši.
