São ninjas com grande experiência, tendo grandes habilidades e são capitães militares, os Jōnins podem fazer missões sozinhos ou liderando uma equipe, normalmente fazem missões Rank-A, mas podem fazer de Rank-S que é o nível mais alto, um Jōnin também é capaz de dominar pelo menos dois elementos de chakra, e são considerados ninjas de elite. Também pode treinar uma equipe constituída por três Genins, afim de prepará-los para se tornarem ninjas experientes. Em Konoha também existem outras classificações para um Jōnin, como o "Jōnin comandante" que é um membro do conselho e podendo dar opinião na escola de um novo Hokage e podendo ir a reuniões representando o Hokage, e o "Jōnin de elite" que é especialista em uma área, um exemplo é o Ibiki Morino que é especialista em interrogatório.