Intanto, in Sicilia, re Ferdinando IV, organizzò un esercito formato da contadini, popolani e briganti, che prese il nome di "sanfedista"e nel giugno 1799 l'esercitò riconquistò Napoli. quando Ferdinando IV tornò al trono fece condannare a morte oltre 120 persone, tra cui i principali capi della repubblica.
a Napoli fu proclamata Repubblica partenopea. Vennero realizzate riforme simili a quelle realizzate in Francia ma non riuscirono a convincere il popolo, in gran parte, analfabeta.
Nello Stato pontificio fu dichiarato deceduto il potere temporale dei papi, proclamata Repubblica Romana e fu imprigionato papa Pio VI.
la più importante tra queste repubbliche fu quella cisalpina che comprendeva Lombardia, Emilia e Romagna e aveva come capitale Milano
Le repubbliche sorte in Italia presero importanti provvedimenti d'impronta rivoluzionaria: abolirono i privilegi feudali della nobiltà, riformarono il sistema della giustizia, abolirono definitivamente le corporazioni e confiscarono le proprietà della Chiesa e le vendettero ai privati.
Come ad esempio in Italia, dove Napoleone favorì la nascita delle "Repubbliche sorelle" cioè amiche della Francia
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