В Великой Отечественной войне (1941—1945 г.) командовал корпусом, армией, фронтом (псевдонимы: Яковлев, Родионов, Морозов). Отличился в Сталинградской битве. Армия Малиновского во взаимодействии с другими армиями остановила, а затем разгромила группу армий «Дон» фельдмаршала Э. фон Манштейна, пытавшуюся деблокировать окруженную под Сталинградом группировку Паулюса. Войска генерала Малиновского освобождали Ростов и Донбасс (1943 г.), участвовали в очищении от врага Правобережной Украины: разбив войска Э. фон Клейста, взяли 10.04.1944 г. Одессу: совместно с войсками генерала Толбухина разгромили южное крыло вражеского фронта, окружив 22 немецких дивизий и 3-ю румынскую армию в Ясско-Кишиневской операции (20-29.08.1944 г.). В ходе боев Малиновский был легко ранен; 10.09.1944 г. ему было присвоено звание Маршала Советского Союза. Войска 2-го Украинского фронта маршала Р. Я. Малиновского освобождали Румынию, Венгрию. Австрию, Чехословакию. 13 августа 1944 г. вступили в Бухарест, штурмом взяли Будапешт (13.02.1945 г.), освобождали Прагу (9.05.1945 г.). Маршал был награжден орденом «Победа».