Pendant ce temps, Paul Ehrlich étudie la réaction des bactéries à certains colorants : basophiles, acidophiles, neutrophiles. Il remarque en 1907 que le trypanosome est tué par le rouge trypan, colorant qu’il a découvert trois ans auparavant. « Les colorants tuent les bactéries » conclue-t-il. Tout juste primé d’un Nobel de médecine (pour des travaux sur l’immunité), il s’intéresse à l’atoxyl en 1908, en raison de ses résultats contre le trypanosome. Son but est de garder l’efficacité du produit sans les effets indésirables. Sur les 900 dérivés qu’ils expérimentent avec Sahachiro Hata, le 606ème permet de traiter la syphilis : ils nomment leur découverte le 606 (c’est original), salvarsan[1], ou encore arsphénamine. C’est la première fois qu’une substance chimique est synthétisée pour traiter une maladie ; c’est la première vraie chimiothérapie (cf. partie 1) !