Anche Clistene fece una riforma, ma a la sua era basata in base al criterio territoriale e non sul censo. Il territorio della polis si divideva in tre parti, montagna, pianura e costa. Cistene divise la popolazione in dieci tribù, e a ciascuna vennero assegnate tre zone, queste zone presero il nome di Trittie, ma non erano confinanti tra loro. Inoltre la classe degli aristocratici (già essendo in minoranza) venne divisa nelle dieci tribù, quindi persero molto del loro potere
Clistene riformò anche le istituzioni, la bulè fu portata da 400 a 500 membri, e questi membri venivano scelti per sorteggio tra le dieci tribù. Il sorteggi serviva per avere più probabilità che qualcuno potesse partecipare alla vita politica
Inoltre i poteri dell'ecclesia crebbero e l'assemblea venne aperta a tutt igli uomini liberi di età superiore ai trent'anni. All'eccleisa spettava il compito di votare le leggi proposte dalla bulè, inoltre sceglieva anche i membri dell'eliea (tribunale popolare). All'ecclesia inoltre spettava anche il compito di eleggere gli arconti e gli strateghi a capo di ogni tribù, ovvero 10 generali che in caso di guerra dovevano guidare l'esercito di Atene
Durante la sua riforma Clistene introdusse anche L'ostracismo, questa pratica condanna ad un esilio per dieci anni di un cittadino ateniese ritenuto pericoloso per la sicurezza dello stato. Per condannare la persona tutti i membri dell'ecclesia dovevano scrivere su un coccio di terracotta il nome della persona da esiliare. Questa pratica nacque con lo scopo di difendere la democrazia, ma successivamente venne utilizzata per eliminare gli avversari politici.