Con el corte de parafina totalmente seco se inicia la tinción, se usa la hematoxina con base acuosa, la hematoxilina está en agua la cual no es soluble en la parafina. Lo que se debe hacer quitar la parafina de la muestra (DESPARAFINACION), usamos el xilol para quitar la parafina, pasa por xilol-1, luego a xilol-2, por un tiempo alrededor de 5 minutos en cada uno, se debe trabajar en una campana porque los solventes son tóxicos, el siguiente paso es HIDRATAR, lo que se hace es pasar por alcohol 100 para quitar el xilol de la muestra, pasa por alcohol 100-1 y luego por alcohol 100-2 ambos por un tiempo de 5 minutos, con estos pasos terminamos de sacar el xilol de la muestra. Lugo se sacar del alcohol 100-2 empezamos a hidratar los cortes, pasamos por el alcohol 96-1, alcohol 96-2.
Posteriormente pasamos a alcohol 70-1. Este procedimiento se lo hace de manera gradual para que no sea brusco. Del alcohol 70 podemos pasar a la hematoxilina, la hematoxilina será atraída por las cargas negativas del tejido (ADN del núcleo, ARN ribosomal matriz extracelular, moco de tejido, matriz del cartílago). Debemos dejarla alrededor de 10 minutos. Luego los cortes los pasamos en AGUA DE CANILLA, la cual vira la hematoxilina a color violeta oscuro.