Nel II libro viene illustrata la teoria del clinamen, la caratteristica più originale di Epicuro rispetto a Democrito e Leucippo: il clinamen, ovvero la deviazione degli atomi dal loro corso, svolge due funzioni importantissime. Se non ci fosse, da un lato, il mondo non si sarebbe potuto formare: esso è infatti dato dallo scontro degli atomi e dalla loro successiva aggregazione, ma se essi cadessero verticalmente nell'infinito non potrebbero mai incontrarsi; con il clinamen, invece, per una qualche legge che sfugge al rigido determinismo, può succedere che qualche atomo si allontani dal suo moto verticale e vada a scontrarsi con altri atomi. La teoria del clinamen, poi, rende possibile il libero arbitrio dell'uomo, il quale è, per Epicuro e per Lucrezio, artefice del proprio destino: l'idea che nel mondo non tutto vada secondo necessità, secondo leggi rigidamente determinate è dimostrato dal fatto che gli atomi subiscano il clinamen (deviazione) e si scontrino, dando origine al mondo; viene così garantito un margine di libertà all'agire umano.