Además, pronto hubo quien comenzó a acusar a Gregorio de herejía, y a decir que el Papa había declarado que los sacramentos administrados por personas indignas no eran válidos, y que tal opinión, sostenida siglos antes por los donatistas, había sido condenada por la iglesia. De hecho, lo que Gregorio había dicho no era que los sacramentos administrados por sacerdotes indignos no fuesen válidos, sino sólo que, a fin de promover la reforma eclesiástica, los fieles debían abstenerse de ellos.
Hasta entonces, los obispos metropolitanos habían tenido gran independencia, y la autoridad papal había sido más nominal que real. En vista de la oposición general a los decretos de reforma, Hildebrando llegó a la conclusión de que era necesario promover la autoridad papal, a fin de que sus mandatos tuvieran que ser obedecidos.
Esto parecía haber quedado comprobado por el modo en que fueron recibidos los legados papales en su misión de reformar la iglesia de los diversos reinos. Por esa razón, en el año 1075, y después en el 1078 y el 1080, Gregorio prohibió a todos los clérigos y monjes recibir obispados, iglesias o abadías de manos laicas, so pena de excomunión. En el 1080, se añadía que también serían excomulgados los señores laicos que invistieran a alguien en tales cargos.