La otra característica que contribuyó al éxito de esta obra fue su orden sistemático. El primer libro trata acerca de Dios, tanto en su unidad como en su Trinidad. El segundo va desde la creación hasta el pecado. Esto quiere decir que en él se incluye la angelología, la antropología o doctrina del ser humano, la gracia y el pecado. El tercero se ocupa de la “reparación”, es decir, del remedio que Dios ofrece para el pecado. Por tanto, comienza por estudiar la cristología y la redención, para después pasar a la doctrina del Espíritu Santo, sus dones y virtudes, y terminar discutiendo los mandamientos. Por último, el cuarto libro se dedica a los sacramentos y la escatología. En líneas generales, éste ha sido el orden que ha seguido la mayoría de los teólogos sistemáticos desde tiempos de Pedro Lombardo.