Ante tales resultados, Teodosio II intervino en el debate y encarceló tanto a Cirilo como a Juan. A esto siguió una larga y complicada serie de negociaciones, hasta que por fin, en el año 433, Juan y Cirilo se pusieron de acuerdo en una “fórmula de unión”. Mientras tanto, Nestorio fue depuesto y enviado a un monasterio en Antioquía. Más tarde fue trasladado a la remota ciudad de Petra, y por fin a un oasis en el desierto de Libia, donde pasó el resto de sus días.