Please enable JavaScript.
Coggle requires JavaScript to display documents.
VIRO : Structure et classification des virus Techniques de base en…
VIRO : Structure et classification des virus Techniques de base en virologie →
← Attachement, Entrée, Décapsidation
Définition de Lwoff
Virus = agent transmissible, filtrable
• Taille : diamètre < 250nm en général (Pandoravirus = 1000x500nm)
• Intra cell
• Absence d'enzymes
• Pas de division binaire
• ARN ou ADN ( mais pas les 2)
Si petit virus contenant un seul gène, pas d'ARNpol donc utilise celui de l'hôte
Visualisation
Microscopie électronique à coloration négative : traitement des virus stables enveloppés avec métaux lourds qui bloquent les faisceaux d'e- // visualise taille et forme
-
Cryo-microscopie électronique : après purif, solution aqueuse refroidie // visualise structure 3D
Classification
Virion non enveloppé, nu : capside (prot) + acide nucléique
capside hélicoïdale = tubulaire : /
→ acide nucléique linéaire enroulé par prot de nucléocapside et si trop long, instable physiquement, il y a donc une limite de taille
capside icosaèdrique : o
→ protéine de capside forment structure sphérique creuse contenant l'acide nucléique
→ 20 faces triangulaires = 12 faces pentagonales (dodécaèdre) ; 12 pentagones + 20, 120 ou 150 hexagones possibles ; domaine beta-barrel Jelly Roll : structure trapézoïde rigide qui assemblés forment pentagones et hexagones
→ Numéro T = h²+hk+k² donne distance entre 2 pentamères :
• T1 : parvoviridae ADNsb • T3 : picornaviridae ARnsb • T4 : hepadnaviridae ADNdb
• T7 : papovaviridae ADNdb • T13 : reovirus ARNdb • T16 : herpesvirus ADNdb
Virion enveloppé : enveloppe en bicouche lipidique, (-) résistant au détergent
-
-
ICTV = International Committee on Taxonomy of Viruses : ordre, famille, sous famille, genre, espèce. Certains virus n'ont pas d'ancêtres communs donc 71 familles sans ordre
-
-
Système de production
-
Purif
-
gradient de concentration avec sucrose, CsCI2 ou iodixanol
-
Détection, Identification, Quantification
culture cellulaire : observe ECP (effet cyto-pathogène) avec syncytia (fusion de cellules grâce aux glycoprot faisant une plus grosse cellule) et corps d'inclusion // jours
titre en pfu (unité formant phage) : série de dilutions → couvrir d'agarose → comptage phage de lyse après culture sur boîte
-
MOI (multiplicity of infection) = nombre particules virales infectieuses/nombre de cellules infectées (après infection vitro). 99% de cellules infectées sont à MOI >= 5
-
biomol : détecte acide nucléique // 1 jour
→ qPCR (ADN) ou qRT-PCR (ARN) pour suivie de charge virale et suivie prise du médicament ou si contamination de produits agro alimentaires
génétique classique (phénotype→génome) ou inverse (génome→phénotype) avec clonage virus avec plasmide et bacmide (E.Coli) pour ADN et retrovirus et seulement plasmide pour ARN
Attachement et entrée
ATTACHEMENT ET FUSION
-
Identification du R
-
-
Biomol : identifie lignée cellulaire, permissive mais non susceptible (ne laisse pas le virus entrer car manque du R)
Grippe/Influenza
Enveloppe, nucléocapside, hélicoïdale, ARNsb -
Influenza A
-
-
Acidification endosomale provoque changement de conformation de HA 2 qui provoque l'entrée du nucléocapside
-
-
Évènement fusion mbr : diminution pH ou Protéolyse partielle ou Intéraction avec coR ( HTLV1 pour VIH ou Glut1 pour CCR5 ou CXCR4 )
Maturation des glycoprot d'attachement et de fusion ncssite un clivage par protéase de la cellule hôte pour permettre l'entrée (tripsinyque pour influenza, furine pour VIH, signal peptidase pour hépatite C). Si non clivé, grippe non infectieuse, c'est pour cela que le virus est localisé et non systémique
-
Adénovirus
-
1) Interaction avec co R
2) Virus déstabilisé et partiellement dégradé
3) Prot P6 perfore mb de l'endolysosome
4) Capside se déplace avec µtubule par transport rétrograde (cyt→noyau)
Pour virus avec enveloppe, fusion de la mb ou glycoprot ; pour virus nu, fusion avec portail ou désagrégation capside
-
-
-
-