Nació en Alcalá de Henares en 1547 en Alcalá de Henares en el seno de una familia azarosa y deambulante en la que abundaban los problemas.
Algunos han relacionado esto con su supuesto origen converso Sobre su infancia y juventud hay pocos datos. Sabemos que fue discípulo del escritor erasmista López de Hoyos. En 1570 viaja a Italia, donde queda impresionado por su arte, su literatura y su vida Participa como soldado en la batalla de Lepanto y permanece como militar en diversos lugares italianos A su vuelta a España en 1575 es apresado y conducido a Argel. Allí estuvo cautivo durante cinco años, lo que le da ocasión de observar la nueva civilización que descubre y acentúa su espíritu tolerante. Allí empiezan a fraguarse sus novelas. Recorre buena parte del territorio, acumulando problemas y sinsabores: fue excomulgado dos veces y encarcelado otras dos. Posiblemente en su última estancia en la cárcel en Sevilla, donde pasó unos meses, concibió el Quijote. Mientras se publica la primera parte del Quijote, que tendrá un éxito fulgurante, marcha a vivir a Valladolid, donde residía la corte en compañía de su mujer, su hija, sus dos hermanas y la hija natural de una de ellas. En Valladolid vuelve a conocer la prisión en compañía de toda su familia por un oscuro asunto relacionado con la muerte de un hombre a la puerta de su casa. La infundada acusación hace que pronto sea puesto en libertad, pero le hará incómoda su corta estancia en Valladolid. Sus años finales en Madrid también se complican por problemas familiares: muerte de varios de sus hermanos, desavenencias con su supuesta hija, muerte de una nieta, cambios de domicilio. A ello se añaden dificultades económicas. Sin embargo, prosigue su éxito como escritor y es en estos últimos años cuando publica la mayor parte de sus obras. Murió en Madrid, el 23 de abril de 1616