Народився 13 (25) листопада 1838 року в сім'ї сільського священника в Стеблеві, нині селище міського типу Корсунь-Шевченківського району Черкаської області, Україна. Батько його, Семен Степанович, був освіченою людиною прогресивних поглядів, мав велику домашню книгозбірню і на власні кошти влаштував школу для селян, в якій його син і навчився читати й писати. Змалку І. Левицький познайомився з історією України з книжок у батьківській бібліотеці. На сьомому році життя хлопця віддали в науку до дяка, який вчителював у духовному училищі при Богуславському монастирі. Там опанував латинську, грецьку та церковнослов'янську мови. Незважаючи на сувору дисципліну, покарання й схоластичні методи викладання, Левицький навчався успішно й після училища в чотирнадцятилітньому віці вступив до Київської духовної семінарії, де навчався з 1853 по 1859 рік. У семінарії захоплювався творами Т. Шевченка, О. Пушкіна та М. Гоголя.