Após a definição do território, a equipe deve conhecer os problemas de saúde da região e a estrutura que existe nela, a fim de fazer seu plano de ação. As equipes devem também desenhar um mapa que contenha o máximo possível das características da região, como comércio, igrejas, áreas de risco, ONG, rios, morros etc., pois isso facilita o planejamento. Com essas informações, as equipes traçam o perfil da região.
O diagnóstico de saúde também é dinâmico, pois se espera que, a partir das intervenções da equipe sobre o território, a situação de saúde melhore. Por exemplo: áreas de risco para proliferação do mosquito da dengue tendem a desaparecer com o tempo, pois os ACS devem realizar atividades rotineiras de prevenção, entre elas a educação da população e a inspeção dos locais onde exista a chance de proliferação do mosquito Aedes aegypti. As equipes devem atualizar com frequência seus diagnósticos e discuti-los com a população, a fim de que juntos tomem decisões que melhorem a qualidade de vida da região.