En 1831 fue elegido regidor del ayuntamiento de la ciudad de Oaxaca y, tres años después, diputado del Congreso de su estado. En 1834, luego de una brillante disertación, la corte de justicia le otorgó por unanimidad el título de abogado y poco después se encargaba de defender a los habitantes del pueblo de Loxicha, enfrentados con su párroco por los presuntos abusos de éste. Era el momento en que, tras una devastadora peste de cólera, los liberales tomaron el poder e intentaron suprimir los privilegios del ejército y de la Iglesia. Sin embargo, el general Antonio López de Santa Anna, que había apoyado el movimiento liberal, se alzó en armas contra él y, con el lema «Religión y fueros», se hizo nuevamente con la presidencia de la república. La participación de Juárez en el caso de Loxicha y la reacción conservadora le obligaron a apartarse durante unos años de las actividades públicas.