Please enable JavaScript.
Coggle requires JavaScript to display documents.
Preferencje kodonów i mutacje synonimiczne (Grzegorz Kudla - Coding…
Preferencje kodonów i mutacje synonimiczne
KOD GENETYCZNY JEST ZDEGENEROWANY
the overabundance in the number of codons allows many amino acids to be encoded by more than one codon
codon usage bias to różnica w częstości występowania kodonów synonimicznych w DNA kodującym
bias oznacza, że jeden z kilku kodonów kodujących ten samo aminokwas będzie używany częściej -->
(a greater frequency of one will be found than expected by chance)
mutacja synonimiczna
to mutacja punktowa nie powodująca zmiany aminokwasu w kodowanym białku
However...
...comparative sequence analysis revealed a non-random distribution of synonymous codons in genes of different organisms
differential regulation of protein expression
also influences protein folding
c
odon bias directly affects general protein expression levels
mutacja cicha najczęściej zachodzi na trzecim nukleotydzie kodonu i dzięki degeneracji DNA nie wpływa na fenotyp
polimorfizm
występowanie różnic w DNA populacji
nie dotyczy zmian rzadkich
Polimorfizm pojedynczego nukleotydu (ang. single nucleotide polymorphism, SNP) to najczęściej występująca zmienność sekwencji DNA.
SNP może pozostawać cichą modyfikacją (tzw. synonimiczną) lub nieść ze sobą zmianę sensu kodonu (tzw. zmiana niesynonimiczna).
Paul Sharp - 3121 cytowań
a part of nonrandom codon usage is taxon specific
approaches to quantify the degree of bias in codon usage in each gene in such a way that comparisons can be made both within and between species:
codon preference bias
frequency of optimal codons (Fop)
codon bias index
codon preference statistic
methods to predict gene expression levels
frequency of optimal codons (Fop)
the relative codon adaptation (RCA)
the codon adaptation index (CAI)
methods to measure codon usage evenness
effective number of codons (Nc)
Shannon entropy
Grzegorz Kudla - Coding-Sequence Determinants of Gene Expression in Escherichia coli
obecnie 1212 cytowań
celem pracy Kudły było zbadanie dlaczego mutacje synonimiczne nie zmieniają kodowanego biała, ale wpływają na ekspresję genów
zaprojektowano syntetyczną bibliotekę 154 genów zmiennych synonimicznie, ale kodujących tę samą zieloną fluorescencyjną proteinę GFP
codon bias nie korelował z ekspresją genów
składanie mRNA odegrało dominującą rolę w kształtowaniu ekspresji pojedynczych genów
codon bias wpływał na globalną efektywność translacji
"correspondence between codon adaptation and expression level among endogenous E. coli genes arises from selection to make translation efficient at a global level, rather than at the level of individual genes"
in silico analyses of codon bias
ribosome density profiling...
...experimental monitoring of the translation elongation rate at single-codon resolution
some studies have shown that codon bias plays an important role in translation efficienc
alternatively it is concluded that translation efficiency relies on other features of the coding sequence