De acordo com Marcelo Alexandrino e Vicente Paulo, a diferença entre as fundações públicas de direito público e as autarquias é meramente conceitual. A autarquia é definida como um serviço público personificado, em regra, típico de Estado. A fundação pública de direito público, por sua vez, é um patrimônio público personalizado destinado a uma finalidade específica, usualmente de interesse social. Reforça-se, porém, que o regime jurídico de ambas é, em tudo, idêntico.