Please enable JavaScript.
Coggle requires JavaScript to display documents.
Preferencja kodonów i mutacje synonimiczne (Metoda badań: badanie poziomu…
Preferencja kodonów i mutacje synonimiczne
Cel badań: sprawdzenie jak mutacje synonimiczne wpływają na ekspresje genów
Mutacja synonimiczna
Rodzaj cichej mutacji
Mutacja punktowa, która nie powoduje zmiany aminokwasu
Przesłanki: problem preferencji kodonów
Założenie: korelacja między występowaniem preferowanego kodonu a wyższym poziomem izoakceptorowych tRNA, co skutkuje zwiększeniem wydajności translacji
CAI: Codon Adaptation Index - technika do analizy preferencji kodonów
Metoda badań: badanie poziomu ekspresji
Stworzenie syntetycznej biblioteki 154 genów
Geny posiadały mutacje synonimiczne
Wszystkie kodowały białko GFP
Do ekspresji użyto bakterii E.coli
Mierzenie poziomu ekspresji za pomocą spektrofluorymetrii
Western blot i barwienie Coomassie
Wyniki
Nie wykazano korelacji między CAI a poziomem fluorescencji
Niektóre geny z wysokim poziomem ekspresji cechowały się niskim CAI i na odwrót
Korelacja między poziomem RNA a intensywnością fluorescencji oraz energią zwijania w pobliżu kodonu start
Badania in silico
Analiza statystyczna
Ważniejszy czynnik: lokalne różnice w sekwencjach a nie globalne preferencje kodonów
Obliczenie przewidywanej minimalnej energii swobodnej dla drugorzędowej struktury RNA
Energia zwijania koreluje z fluorescencją, ale tylko w przypadku 1/3 RNA
Wnioski
Struktura RNA może mieć wpływ na poziom ekspresji
Ciasno zwinięte łańcuchy utrudniają proces inicjacji translacji, a to zmniejsza syntezę białka
Struktura drugorzędowa wpływa na poziom RNA oraz białek poprzez uniemożliwienie wiązania podjednostki rybosomu --> zmniejszenie stabilności.
Ilość RNA/białka nie zależy znacznie od preferencji kodonów --> sprzeczność z dogmatem
Etap inicjacji jest kluczowy dla wydajności translacji
Wysokie CAI zwiększa poziom elongacji
Liczba cytowań
Kudla
Web Of Science: 803
Scopus: 825
Sharp & Li
Web Of Science: 2160