Por diversas razones, entre las cuales no faltaron los celos, hubo conflictos entre Orígenes y el obispo de Alejandría. El resultado de esos conflictos fue que Orígenes se vio obligado a abandonar Alejandría e ir a vivir en Cesarea, donde continuó dedicándose al estudio y la enseñanza por veinte años más. Por fin, en tiempos de la persecución de Decio, Orígenes tuvo ocasión de mostrar la firmeza de su fe. Dado el carácter de esa persecución, Orígenes no fue muerto, sino torturado hasta tal punto que, puesto en libertad, murió al poco tiempo. Murió en la ciudad de Tiro cuando tenía unos setenta años de edad.