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WGD (Whole Genome Duplication) (Polyploidie (Conséquences (Polyploïdie …
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limites
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repose sur ks , sous paralogues anciens peuvent etre interpretes comme dup recente
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en doublant le nb de gènes, WGD faciliterait l’émergence de nouvelles fonctions, et permettrait la radiation évolutive, l’émergence de nouvelles lignées, espèces
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Gene homology matrix
paires de genes homologues identifier dans diff segments, si ordre des genes conservés ==> renforce preuves dup en bloc
Les statistiques qui déterminent la colinéarité (= conservation du contenu en
gènes et de l’ordre des gènes entre 2 segments génomiques)
precaution : seuil de famille multigénique pour eviter bruit de fond + grouper les homologues en famille de gènes
parametres a considerer
Nb de points d’ancrage (anchor points) proches, qui forment un cluster,
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uniques « autorisés », qui peuvent venir interrompre 2 points d’ancrage
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correspondent à une ligne diagonale, et sont donc probablement le résultat
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Paleoploidie : genome ayant subit polyploidisation mais redevenue diploide ( polyploidisation ancienne)
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ATTENTION HOMOLOGIEdistinguer globale et local lors du blast (faut trouver integralités de domaines et pas un seul