En P. jirovecii se distinguen principalmente dos morfologías: formas quísticas (quiste/asca) redondeadas de 4 – 6 µm de diámetro, de pared gruesa rica en beta-1,3 D glucano, que contienen hasta ocho formas tróficas (trofozoíto/ascospora) ameboides, mononucleadas, de 2 – 8 µm de diámetro, con filópodos
son las formas quísticas las que han demostrado ser los propágulos infecciosos y transmisores de la enfermedad, por vía aérea.
las formas tróficas, a través de sus filópodos e integrinas (glicoproteínas) del hospedero, se adhieren específicamente a los neumocitos tipo I y se nutren del líquido alveolar y otras células