A história do jogo se passa em um futuro distante, no ano de 2220. Neste período, a tecnologia de exploração espacial já evoluiu muito, e várias naves espaciais viajam para os planetas de nosso sistema solar em busca de recursos. No entanto, a espécie humana não tem o conhecimento de qualquer forma de vida fora da Terra. Na Lua, uma prisão de segurança máxima foi instaurada, e para lá são levados os prisioneiros mais perigosos e hábeis da Terra, ou ao menos é o que o governo afirma. O jogador acompanhará Trip Spacerruner, um homem que cresceu nas ruas, adquirindo muitas habilidades. Ao crescer, alistou-se na academia espacial, mas apesar de suas habilidades, acabou sendo expulso devido a seus métodos “não convencionais” de lidar com as coisas, e então decidiu se tornar caçador de recompensas. No início do jogo, Trip é um prisioneiro sendo transportado à Base Lunar. Os transportes para a prisão na Lua, frequentemente eram realizados em naves cargueiras, de exploração de recursos, ou por falta de naves militares, ou como forma de evitar chamar atenção e encobrir os prisioneiros, e algum destes seria o caso para o transporte de Trip. No entanto, em algum momento durante a viagem, ocorre uma queda de energia, o que faz com que as portas de íons da cela improvisada sejam desativadas, permitindo que Trip escape. Enquanto busca por uma rota de fuga, Trip descobre que a queda de energia foi causada devido à invasão por um grupo de piratas alienígenas, e se depara, completamente despreparado, com alguns deles, mas felizmente é salvo pelo Capitão Sulla. Apesar de o capitão saber do risco que Spacerruner representa, ele, diante da situação de ambos serem os únicos capazes de recuperar o controle da nave, uma vez que os guardas sobreviventes acabaram presos em uma única sala devido aos danos nos sistemas elétricos, acaba confiando uma pistola de plasma ao ex-mercenário. Sulla revela que eles necessitarão de cartões de acesso de emergência que estão em pontos distintos da nave, então o capitão segue por uma direção e o jogador segue por outra. Após conquistar o primeiro cartão, Trip descobre que Sulla teve problemas, e agora o jogador deverá ir atrás dele e recuperar também o segundo cartão. No entanto, Trip também encontra documentos na nave, relatando sobre a existência da espécie alienígena, o que indicaria que a humanidade já sabia sobre a existência dos mesmos, mas estava mantendo isso em segredo. Trip também encontrará dados estranhos mencionando antigos prisioneiros que haviam sido anteriormente “transportados para a Base Lunar”. Ao conquistar o segundo cartão e ajudar o capitão Sulla, Trip deverá, mais uma vez sozinho, chegar à ponte de comando da nave.
Porém, uma vez lá, Trip acaba se deparando com o líder dos piratas, que estará utilizando um capacete escondendo o seu rosto e, após finalmente derrotá-lo, descobrirá que, na verdade, o líder dos piratas era uma mulher humana, que revelará que no passado ela foi uma prisioneira tal como Trip e que, na verdade não existe nenhuma prisão na Base Lunar. A verdade oculta pelo governo seria que a espécie alienígena já havia sido descoberta a muito tempo e o governo fez um acordo com eles. Segundo este acordo, o governo escolheria humanos entre os mais fortes e capacitados como prisioneiros, e continuaria os fornecendo como escravos para alienígenas em troca de recursos e para evitar que os alienígenas fossem para a Terra. Sabendo disso, Trip vai confrontar o capitão, mas este, ao descobrir que a verdade foi revelada, ataca-o utilizando o Mecha N.I.Z.M.O. Cap. Sulla revela ao jogador que ele só o ajudou porque precisava da ajuda de alguém para conseguir recuperar o controle da nave, mas agora que o jogador cumpriu com esse propósito, ele deveria ser descartado. Também revela que, para encobrir o ataque alienígena, ele decretaria oficialmente que foi Trip quem escapou por conta própria, danificou a nave e matou parte da tripulação, e que foi ele, o Capitão, quem conseguiu derrotar o “vilão” e salvar a nave, o que garantiria que ele fosse condecorado como herói. Porém, o jogador consegue, após um árduo combate, derrotar o capitão. Após isso, o personagem, agora com a nave sob seu controle deve decidir se revelará ou não a verdade à humanidade.
