Please enable JavaScript.

Coggle requires JavaScript to display documents.

Mikrobigenetiikka ja geenisaately luento 3, Brock luku 4 & 6…

- - - - Replikaatio
      - Geenien ilmentaminen
        
        transkriptio (DNA->RNA)
        
        translaatio (RNA->proteiinit)
  - - - ADP + Pi -> ATP
    - - makromolekyylien precursoreiden valmistus (sokerit, aminohapot, rasvahapot ym)
- - - - DNA'n avaus (jonka hoitavat Initiation Regulatory Proteins)
        
        Initiation Regulatory Proteins
        = gyraasi (topoisomeraasit)
        
        Toimivat usein pareittain, rakentaen kahta juostetta yhdesta DNA-molekyylista
        
        Aloituskohta = ORIGO
        
        Theta-rakenne = replikaatio etenee molempiin suuntiin
      - Helikaasit tarttuvat yhteen juosteeseen kummassakin paassa
        -> kaksi replikaatiohaarukkaa
      - DNA-polymeraasien valmistelu
        
        Ensin kiinnittyy sliding clamp
        rengasmainen rakenne
        
        Proteiineja kiinnittyy sliding clamppiin -> clamp loader complex
        
        ATP kiinnittyy compleksiin ja avaa sen -> compleksi kiinnittyy juosteeseen
      - Aluke - Primer
        
        Primaasit tekevat primerin
        
        Primer tarttuu yhteen juosteeseen
        
        Primer syntetisoi pienen patkan RNA:ta, josta polymeraasi osaa jatkaa
        
        Yksijuosteista lagging-juosteen patkaa suojaa SSB (single stranded binding proteins)
    - - Suunta aina 5' -> 3'
      - Replikaatio 'kupla' laajenee kun helikaasit liikkuvat kauemmas toisistaan
        Helikaasit etenevat eri suuntiin
      - DNA III polymeraasit liikkuvat identtisesti kumpikin 5'->3' suuntaan
      - Lagging-juoste
        
        Primer koodaa alkusekvenssit
        
        DNA-polymeraasi III koodaa primerien valille patkan DNA:ta = Okazaki fragment (noin 1000 emasparia)
        
        DNA-polymeraasi I yhdistaa okazaki fragmentit korvaamalla primerin RNA:n DNA:lla
        
        DNA-ligaasi yhdistaa korvatun primer-patkan olemassaolevaan DNA:han
        
        Yksijuosteista DNA:ta suojaavat SSB-proteiinit, jotta loopilla oleva juoste ei kiinnity itseensa
        
        Kunkin fragmentin jalkeen looppi kiristyy ruoskamaisesti ja valmis paa paastetaan irti
      - Oikeasti polymeraaseja on kaksi kummassakin juosteessa, eli juoste kahdentuu
        
        Tama vaatii lagging juosteen loopilla olemista
      - Johtava juoste
        
        Koodaa suoraan 5'->3' suuntaan helikaasin perassa
    - - Kun koko DNA on monistettu ja helikaasit kohtaavat toisensa, ne irtoavat
      - Juosteiden paat liitetaan DNA-ligaasilla
  - - - Jakaa DNA-juosteen
      - 6 entsyymin ryhma
      - on olemassa DNA- ja RNA-helikaaseja
    - - Avaa DNA-kierretta
    - - made by Primaasi
        proteiini
    - - Myos oikolukevat juostetta - virheita hyvin vahan, n. E-8 - E-10 per liitetty emaspari
      - Entsyymi, joka syntetisoi DNA-molekyyleja deoksiribonukleotideista
      - Aloitukseen tarvitaan aina primer (=RNA:ta)
      - Kaikki polymeraasit pystyvat syntetisoimaan DNAta vain suunnassa 5' -> 3'
      - Bakteereilla useita polymeraaseja (POL III tarkein)
      - energia ATP:sta
      - Lisaa nukleotideja kasvavan ketjun 3' OH-paahan
- - - - Sigma tunnistaa promoottorin ja initiaatiokohdan
      - Sigmafaktori kiinnittyy RNA-polymeraasiin
      - Transkriptio alkaa -> sigma irtoaa
    - - RNA-polymeraasi kopioi juostetta alavirtaan 3' -> 5'
      - Tuottaa lahettiRNAta - mRNA
    - - Terminaatiosignaali irrottaa polymeraasin ja RNA:n
      - 5' cap
        erityinen guaniini
      - Poly-A tail
        250 Adeniinia perakkain
      - Hatut suojaavat hajottavilta entsyymeilta
      - Transkriptio lopetetaan kaanteisten toistojen avulla
        
        Stem-loop eli varsi/runkosilmukkarakenne RNA:ssa lopettaa transkription ennen urasiileja
    - - Poistetaan intronit l. ei-koodavat osat
        esim ihmisella 97%
        hiivalla 30%
      - Splisosomi
        leikkaa intronit pois
        
        Snurps - pienia nukleaarisia ribonukleoproteiineja
        
        Tunnistavat sekvensseja, jotka kertovat poistettavan osan alku- ja loppukohdat
        
        RNA:ta ja proteiineja
        
        Leikkaa RNA:ta ja erottelee emakset toisistaan jotta ne voidaan kayttaa uudelleen
        
        Yhdistaa leikatut paat
      - Eksoni
        lopputuote
        (koska tulee eksperroiduksi)
- - - - Polypeptidiketju
- - - - C Sytosiini
      - T Tymiini
    - - G Guaniini
      - A Adeniini
  - - - sitten helikaasi tai RNA-polymeraasi avaa kaksijakoisen kierteen
    - - tarkea entsyymi bakteereilla, silla suurin osa bakteerien kromosomista on rengasmaista
      - avaa rengasmaista DNA:ta
- - - - Proteiini-proteiini interaktiot
      - Kovalenttiset modifikaatiot
      - Hajotus
      - Lopputuote (feedback) inhibitio
    - - Geenitaso (transkriptio)
      - mRNA-taso (translaatio)
    - - Negatiivinen saately, transkriptio estyy
        
        Induktio (katabolia)
        
        Repressio (anabolia)
      - Positiivinen saately, transkriptio etenee, aktivaattorit
        
        Aktivaatio