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Consorcio Público Internacional Equipo 5 (Selección del material genético…
Consorcio Público Internacional Equipo 5
Característica
Obtención previa de Mapa genómico de DNA
Elevada redundancia (Solapamiento)
Todo el genoma
Posteriormente
Secuenciación al azar
100 - 200 kb
Selección del material genético por medio de librerías genómicas
Digestión parcial de los fragmentos del cromosoma
dependiendo de la librería (8), se usaron diferentes enzimas (Hind1, EcoR1 y Mob1)
Realización de un mapa físico por sobrelapamiento de las clonas generadas por los fragmentos digeridos
Siempre que sea posible, se seleccionó un conjunto mínimamente superpuesto que abarque una región para minimizar la fracción a secuenciar
Comparación para evitar fragmentos con delecciones o quimericos.
Secuenciación de los clones en BAC
Purificacion y fragmentación al azar (2 - 5 kb adecuados) y clonación en plásmido o vector derivado del bacteriofago M13
Secuenciación hasta tener gran cantidad redundante. Ensamblaje mediante software (Solapamientos detectados)
Obteniendose Contings, y con estos formar la secuencia consenso.
Secuenciación dirigida de subclones concretos mediante oligonucleotidos especificos.
Solucionar los problemas como discontinuidades, zonas de baja calidad o donde el ensamblaje de contings fue erroneo.
Verificación de la secuencia
Ensamblaje de la secuencia del genoma
Las secuencias de los clones BAC se acomodan siguiendo lo determinado por el mapa fisico.
Determinar las presencia y el orden correcto de los marcadores conocidos de ese clon
Utilizando los STS como marcadores, estas huellas dactilares de fragmentos de restricción se determinó la superposición de clones y, por lo tanto, la manera en que debía ser ensamblados los BAC’s
150 kb
Regiones de solapamiento detectadas
Mapa físico construido