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Identification bactérienne : De la physiologie aux caractères moléculaires…
Identification bactérienne : De la physiologie aux caractères moléculaires
Comment observer les bactéries
Observation microscopique
Microscopie optique
Coloration
Coloration flagellaire
Leifson
Coloration spores
Vert de malachite
Coloration de Gram
Gram-
Fine couche de PG dans le périplasme + mb externe (+ de lipides)
Gram+
Épaisse couche PG
Encre de Chine (Acinetobacter)
Pb infectieux chez l'homme, grande résistance aux Ab
Bleu de méthylène
Observation de la forme
Bâtonnets
Bacille
Incuvées
Vibrions
Spirille
Borrelia
Treponeme
Leptospire
Sphérique
Cocci
Cocci en chaîne (streptocoque)
Diplocoques (pneumocoque)
Cocci en amas (staphylocoque)
Coccobacille
Fuseau
Bacille fusiforme
Constraste de phase
Microscopie électronique
MET
Densité noir : ribosome Usine à protéine
Cryotomographie électronique
Type qui est entrain de révolutionner les observation des macrocomplexes. Forme un modèle
MEB
Observation macroscopique
Morphologie des colonies : aspect et couleur
Milieu de culture liquides
Milieu de culture solides
Identification de bactéries
Echantillon
Enrichissement
Isolement
Identification
(culture pure)
Biologique (sang, urines...)
Eau
Environnement
Industries alimentaires, pharmaceutiques, cosmétique
Critères fondamentaux
Coloration GRAM
Quelques caractères biochimiques simples d’orientation
Forme & taille des cellules
Mode respiratoire
Morphologie des colonies
Mobilité
Test
API20E
20 microtubes prêts à l’emploi
Réaliser 23 tests biochimiques afin d’identifier des Enterobacteriaceae
Ensemencement après 24h d'incubation à 37°C
Activité fermentaire
Révélée avec un milieu type contenant un sucre, un indicateur
coloré des changements de pH (fermentation sucre ! pH)
Activité enzymatique
ß-galactosidase (ONPG), lysine décarboxylase (LDC),
ornithine décarboxylase (ODC), uréase (URE)
Spectrométrie de masse MALDI-TOF
:heavy_plus_sign: rapide (gain de 24h) & fiable (92% espèces identifées)
Technique analytique: identifier molécules & caractériser structure chimique, par analyse de masse & charge --> spectre caractéristiques d’une espèce
Caractères
Morphologiques
Physiologiques & Métaboliques
Moléculaires
PCR d'ADN dans l'échantillon
Gène codant ARN16S (
phylogénie moléculaire
: appareils de traduction sont très conservés, non échangés par transferts horizontaux)
PCR « universelle »
Gène spécifique (oui/non)
PCR « à spectre étroit »
Puces à ADN, RNAseq, Protéome
Culture de bactéries
Eléments minéraux
Fe, Cu, Co, Zn, Cl
Facteurs de croissance
Vitamines, acides aminés, bases azotées (comp. organiques):
auxotrophes
Aucun :
prototrophes
Source de Carbone & d'Azote
Molécules organiques (CH4, oses, ac. aminés…):
hétérotrophes
Matières minérales (CO2 atm., NH4+ …):
autotrophes
Conditions de cultures spécifiques
Dioxygène ou oxygène moléculaire:
aérobies strictes
Absence d’O2:
anaérobies strictes
Source d'énergie
Lumière:
phototrophes
Dégradation chimiques (ex. glucose) :
chimiotrophes
Milieu de culture
Liquide
Milieu synthétique (minimal)
Composition chimique connue
Mélange de composés chimiques purs en solution dans l’eau
C: glucose ou autre composé, potassium & phosphore généralement apporté par K2HPO4, magnésium et chlore par MgCl2...)
Milieu complexe (riche)
Composition exacte inconnue (croissance de la plupart des micro-organismes)
A base d'hydrolysats de matière organique = source de C et NRJ
extrait de levure, peptones (hydrolysats de protéines à partir digestion, viande, caséine, soja, gélatine...)
Solide
Milieu liquide complexe ou synthétique + agar 15 g.L-1
Sélectif
Empêche la croissance de certaines bactéries et favorisent la croissance de celles d'intérêt =
SELECTION
Antibiotique
Drigalski : Croiss G-
SS : Croiss Salmonella & Shigella
Chapman : Croiss Staphylococcus
Différentiels
Distinction de différents groupes de bactéries (caractéristiques biologiques) =
IDENTIFICATION
Utilisation du Lactose
MacConkey
utilisation --> diminution pH
Caractère fermentaire ou oxydatif
Suivie de la croissance
Mesure nbr de cellule
Comptage direct
Cellule de Malassez
Décompte des cellules viables
Dilution en cascade + étalement boite pétri
Mesure de la masse cellulaire
Mesure turbidité (DO)
Mesure poids sec ou activité cellulaire
Technique d'ensemencement
Epuisement : en cadran
Étalement : bille ou râteau
Pathologie humaine
Pseudomonas
Aeruginosa
Burkholderia
Pathogènes opportunistes
Infections nosocomiales et
mucoviscidose
Mycobactéries
Bacilles acido-alcoolo résistants ou «BAAR»
Gram impossible --> coloration : Ziehl Nielsen
Mycobacterium tuberculosis
Mycobacterium leprae
Entérobactérie
E.coli
Commensal (infection urinaire)
Shigella dysenteriae
Infection digestive mineure à grave
Salmonella
Infection digestive, simple à fièvre thyphoïde
Doit être cultiver
