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KHOLLE DEUX: comment affirmer l'autonomie des sciences de la vie…

- - - - Le vitalisme estime que la vie est le produit d'une force vitale, semblable à la force de gravitation universelle mais spécifique aux seuls êtres vivants. Le vitalisme est à l'origine d'inspiration matérialiste: il cherche à comprendre les êtres vivants en tant que phénomènes physiques à une époque où les moyens d'investigation scientifiques ne permettent pas de comprendre les ressorts physico-chimiques de la vie. Ce n'est qu'à partir du XIXe siècle qu'il s'orientera vers des conceptions idéalistes, psychiques ou encore mystiques de la vie.
        
        https://fr.wikipedia.org/wiki/Vitalisme
        
        Le vitalisme est une tradition philosophique pour laquelle le vivant n'est pas réductible aux lois physico-chimiques1. Elle envisage la vie comme de la matière animée d'un principe ou force vitale, qui s'ajouterait pour les êtres vivants aux lois de la matière. Selon le philosophe André Lalande, le vitalisme est une « doctrine d'après laquelle il existe en chaque être vivant un "principe vital", distinct à la fois de l'âme pensante et des propriétés physico-chimiques du corps, gouvernant les phénomènes de la vie »3.
        Le vitalisme est donc le mouvement philosophique qui tend à poser un concept immanent dont le fondement est la conciliation du matérialisme avec l'idéalisme ; tous deux pris dans leur vision grossière: le primat de la matière ou le primat de l'esprit sur le sens des choses. Le vitalisme est une alternative à toutes sortes de dichotomies, qui, toujours selon André Lalande, sont des « facilités philosophiques ». C'est aussi ce qu'on appelle un monisme.
        
        'il s'oppose au mécanisme (Démocrite, Descartes, Cabanis, Félix Le Dantec), le vitalisme (Paul-Joseph Barthez, Bergson, Hans Driesch) ne doit pas être pour autant confondu avec l'animisme (Stahl) : l'animiste ne se contente pas de subordonner la matière à la vie, mais, qui plus est, il soumet la vie à la pensée. Les philosophes d'inspiration vitaliste considèrent au contraire l'activité intellectuelle comme fondamentalement subordonnée à la « vie ».
        
        Bien que les sources écrites manquent, il est admis que Paul-Joseph Barthez est l'instigateur de la doctrine vitaliste. 'il écrit, dans Nouveaux éléments de la science de l'homme (1778) :
        « J'appelle principe vital de l'homme la cause qui produit tous les phénomènes de la vie dans le corps humain. Le nom de cette cause est assez indifférent et peut être pris à volonté. Si je préfère celui de principe vital, c'est qu'il présente une idée moins limitée que le nom d'impetum faciens, que lui donnait Hippocrate, ou autres noms par lesquels on a désigné la cause des fonctions de la vie. »
        
        À l'époque, le mérite principal du vitalisme est de redonner son sens et son originalité à la vie, réduite à l'extrême depuis Descartes et la conception mécaniste de la vie qu'il a imposée en assimilant la vie organique à un automate infiniment compliqué, mais régi par les lois de la matière inanimée.
        
        a reprise par Marie François Xavier Bichat qui enracine le vitalisme dans une authentique démarche scientifique. Il considère la vie comme « l'ensemble des fonctions qui s'opposent à la mort » et sur la base d'une analyse fine de ces fonctions, il pose que le principe vital, qui sous-tend toutes les opérations de la vie, est une résistance à la mort, entendue comme altération des objets physiques. Il y aurait donc une contradiction manifeste, un conflit pourrait-on dire, entre les dynamiques de la matière (qui vont dans le sens de la dégradation) et celles de la vie (qui vont dans le sens de la conservation).
        
        déclin du *
        
        Le déclin du vitalisme scientifique connaît trois grands tournants :Tout d'abord, en 1828, Friedrich Wöhler effectue accidentellement une synthèse de l'urée, composé spécifiquement organique. Fondatrice pour la chimie organique, cette expérience fortuite est aussi un coup dur pour le vitalisme : un composé propre à la vie a pu être « créé » dans un laboratoire de chimie, ce qui est un indice fort en faveur du mécanisme. Ensuite, les expériences de Louis Pasteur sur les microbes et la génération spontanée constituent une étape vers l'abandon du vitalisme scientifique. En effet, un des faits auxquels se reportaient les vitalistes d'alors était qu'en remplissant un pot de farine, puis en le scellant hermétiquement, on voyait apparaître après quelques semaines ou quelques mois de petits vers de farine (Tenebrio molitor). Ils croyaient ainsi pouvoir affirmer que la vie était générée spontanément et qu'elle découlait donc d'un principe générateur propre, qu'il existait une force vitale. Pasteur a montré que ces phénomènes de génération spontanée étaient en réalité dus à la présence de larves microscopiques dans la farine avant même l'insertion de celle-ci dans les pots.
        
        réconciliation mécanisme et vitalisme cz kant
        
        Le mécanisme est le double inversé du vitalisme : selon les doctrines mécanistes, la vie n'a aucune spécificité, le monde organique étant entièrement réductible aux lois de la matière. La deuxième partie de la Critique de la faculté de juger d'Emmanuel Kant présente l'opposition entre mécanisme et vitalisme comme une antinomie (Dialectique de la critique de la faculté de juger téléologique, § 69-78). La solution que propose Kant au conflit entre ces deux doctrines est la suivante : penser l'animal comme organisé en vue d'une fin, car on ne peut pas le comprendre autrement ; connaître l'animal seulement en tant que produit du mécanisme, car la finalité n'est pas un concept issu de l'expérience.
        
        vitalisme bergsonien
        
        évolution créatrice: se veut réconcilier avec doctrines scientifiques et évolutions techniques contemporaines.. Il fonde l'idée que la vie est « la liberté s'insérant dans la nécessité pour la tourner à son profit »4. Il développe notamment le concept d'élan vital : « Mais les causes vraies et profondes de division (du vivant) étaient celles que la vie portait en elle. Car la vie est tendance, et l'essence d'une tendance est de se développer en forme de gerbe, créant, par le seul fait de sa croissance, des directions divergentes entre lesquelles elle partagera son élan5. » Il ne s'agit pas de voir dans l'élan vital un retour aux principes obscurs du vitalisme. Il fallait néanmoins un terme qui échappât aux deux principaux modes d'explication du vivant : le mécanisme et la vitalité6. Bergson s'en explique dans L'Évolution créatrice : « c'est dire qu'on verra dans l'évolution tout autre chose qu'une série d'adaptations aux circonstances, comme le prétend le mécanisme, tout autre chose aussi que la réalisation d'un plan d'ensemble, comme le voudrait la doctrine de la finalité » 7.
        
        postérité du vitalisme
        
        Le vitalisme a mauvaise réputation auprès de nombreux biologistes modernes qui l'identifient à une introduction en contrebande de l'anthropomorphisme et du finalisme dans l'explication physico-chimique de la vie. Ainsi, le biochimiste Jacques Monod, notamment, l'a critiqué dans son ouvrage Le hasard et la nécessité (1970) en s'appuyant sur les avancées de la génétique et de la biologie moléculaire. Dans le même chapitre, il qualifie d'ailleurs le vitalisme de Bergson de « vitalisme métaphysique » aux consonances poétiques. Selon Monod, le maintien des thèses vitalistes est une émanation du scepticisme à l'égard des sciences, de leur travail de réduction de l'homme aux lois de la nature qui rend, d'une certaine manière, caduque la morale et ses valeurs spirituelles prétendument absolues. Mais il s'agirait également d'un besoin pour l'équilibre psychique de l'homme : « Nous nous voulons nécessaires, inévitables, ordonnés de tout temps. Toutes les religions, presque toutes les philosophies, une partie même de la science, témoignent de l'inlassable, héroïque effort de l'humanité niant désespérément sa propre contingence »8.
        
        Ce regard de la science sur le vitalisme est sévère et pourtant, à en croire Georges Canguilhem, le vitalisme serait, en tant que position de principe, quasi irréfutable. Il incarne à ce titre la « confiance […] dans la vitalité de la vie » et « la méfiance permanente de la vie devant la mécanisation de la vie »9. Le vitalisme médical de l'école de Montpellier serait ainsi « l'expression d'une méfiance, faut-il dire instinctive, à l'égard du pouvoir de la technique sur la vie »9.
        Si peu de biologistes actuels se disent « vitalistes », un certain nombre de philosophes contemporains – comme Georges Canguilhem ou Hans Jonas – se réclament encore de cette doctrine.
      - Le mécanisme estime que l'être vivant n'est rien d'autre qu'une forme particulière de la matière, il s'apparenterait à une machine très complexe qu'il suffirait de démonter et d'analyser en détail pour certainement en percer le secret dans quelque temps. On retrouve cette thèse dans la conception créationniste de la vie comme créée par Dieu (cf. la théologie naturelle de William Paley). Charles Darwin, avec le mécanisme de la sélection naturelle, arrachera cette conception de l'être vivant comme machine de la théologie et la fera entrer dans le giron de la science.
        
        Dans une lettre au marquis de Newcastle, René Descartes pose les bases du mécanisme :
        « Je sais bien que les bêtes font beaucoup de choses mieux que nous, mais je ne m'en étonne pas ; car cela sert même à prouver qu'elles agissent naturellement et par ressort, ainsi qu'une horloge, laquelle montre bien mieux l'heure qu'il est que notre jugement ne nous l'enseigne. ». D'une part, la vie animale est réduite à une somme de processus mécaniques qui, bien qu'incompris, ne doivent rien au surnaturel ou au spirituel. D'autre part, cette conception de l'animalité trace une frontière très forte entre l'animal déterminé par la nature et l'homme libre par l'esprit. Ainsi, l'homme et l'animal sont, par essence, irréductibles à un principe vital commun.
        
        Jean-Baptiste de Lamarck, plus connu pour sa théorie transformiste et sa monumentale œuvre de naturaliste, s'opposera sur le plan scientifique au vitalisme et militera activement pour la réduction de la vie à des phénomènes physico-chimiques[réf. nécessaire]. De plus, Claude Bernard, critique le vitalisme pour son incompatibilité avec les méthodes expérimentales qui, seules, donnent une valeur scientifique aux théories soutenues dans le domaine des sciences de la nature (Introduction à l'étude de la médecine expérimentale).
        
        Il est aussi le premier à proposer une théorie naturaliste - ou physicaliste et non pas métaphysique - dit aussi matérialiste et mécaniste, de l'origine des êtres vivants à partir de laquelle il élabore une théorie de leur apparition par évolution naturelle. Deux principes
        
        la complexification croissante de l'organisation des êtres vivants sous l'effet de la dynamique interne propre à leur métabolisme
        
        leur diversification, ou spécialisation, en espèces, à la suite d'une adaptation à leur milieu de leur comportement ou de leurs organes.
        
        On fait souvent de Lamarck un précurseur malheureux de Charles Darwin, parce que, bien qu'ayant exposé une théorie de l'évolution, il n'a pas découvert le mécanisme de la sélection naturelle. C'est là une vue rétrospective erronée. Les projets et réalisations scientifiques de Lamarck et de Darwin sont en fait profondément différents.En effet, Lamarck cherche d'abord à comprendre et expliquer les êtres vivants en tant que phénomènes physiques, et c'est pourquoi il invente la biologie et élabore une théorie des êtres vivants. Darwin, quant à lui, cherche avant tout à réfuter les « créations spéciales » du pasteur William Paley, qui, dans sa Théologie naturelle (1803) expliquait la création du monde vivant et l'origine de toutes les espèces par l'intervention consciente et réfléchie de Dieu en personne, en les remplaçant par le mécanisme aveugle, non-intentionnel et impersonnel de la sélection naturelle. Dans De l'origine des espèces (1859), Darwin ne propose aucune théorie des êtres vivants (voir Darwin et la notion de vie), il ne cherche qu'à expliquer l'adaptation des êtres vivants à leurs conditions d'existence par la sélection naturelle, mécanisme que l'on appliquera ensuite à toute l'évolution du vivant et à partir duquel les scientifiques allaient élaborer la théorie synthétique de l'évolution dans la seconde moitié du XXe siècle.La différence entre les conceptions de Lamarck et celles de Darwin se situe en réalité sur la tendance à la complexification des êtres vivants au cours de l'évolution.
        
        aussi inventeur du terme biologie. « Tout ce qui est généralement commun aux végétaux et aux animaux, comme toutes les facultés qui sont propres à chacun de ces êtres sans exception, doit constituer l'unique et vaste objet d'une science particulière qui n'est pas encore fondée, qui n'a même pas de nom, et à laquelle je donnerai le nom de biologie14. » Jean-Baptiste Lamarck est le fondateur de la biologie en tant que science de la vie ou science des êtres vivants. Il est parmi ceux qui ont inventé le mot, mais surtout, il comprend la biologie comme une science à part entière, comme une science autonome : c’est-à-dire une science distincte non seulement de la physique et de la chimie, mais aussi de la taxonomie, de l’anatomie, de la physiologie et de la médecine. Pour Lamarck, la biologie a pour but d’étudier les caractères communs aux animaux et aux végétaux, caractères par lesquels ils se distinguent des objets inanimés.
        
        Lamarck commence par constater qu’il existe un « hiatus immense » entre les « corps physiques » et les « corps vivants ». À partir de là, il cherche à déterminer la spécificité des êtres vivants par rapport aux objets inanimés qu’étudie la physique (et donc incidemment aux machines que cette science permet de construire, même si Lamarck n'étudie pas cette question La principale caractéristique d’un être vivant, par rapport aux objets inanimés et aux machines, est qu’il est « un corps qui forme lui-même sa propre substance » à partir de celle qu’il puise dans le milieu 15. De ce phénomène d'assimilation, découlent tous les autres phénomènes propres au vivant : la régénération et le renouvellement de leurs tissus, la reproduction et le développement de l’organisme et enfin l'évolution au cours du temps par acquisition d’organes diversifiés et de facultés plus éminentes.
        Lamarck explique la dynamique interne propre aux êtres vivants comme étant le produit de fluides qui en se solidifiant constituent les organes qui canalisent et accélèrent la circulation des fluides et ainsi de suite, permettant le développement de l’organisme en son entier. [cf wiki de Lamarck lui-même pr ste du §]
        
        https://fr.wikipedia.org/wiki/Mécanisme_(philosophie)
        
        En philosophie, le mécanisme est une conception matérialiste qui aborde l'ensemble des phénomènes suivant le modèle des liens de cause à effet. Cette conception rejette l'idée d'un finalisme, Le mécanisme est présent dès la pensée de l'Antiquité, notamment à travers l'atomisme. Il correspond aussi et surtout à une révolution scientifique, souvent appelée révolution copernicienne en langage courant, survenue principalement au XVIIe siècle Le mécanisme au XVIIe siècle vise à réduire tous les phénomènes physiques à des chocs entre particules ayant des propriétés mécaniques très simples Pour René Descartes, un tel type d'explication permettrait de comprendre la totalité des phénomènes naturels à partir de principes simples. On voit donc que le mécanisme joint à une ontologie matérialiste particulière, qui réduit la nature au mouvements de corpuscules matériels, une épistémologie qui met en avant un seul type d'explication pour les théories scientifiques. Cette philosophie a abouti à la théorie de l'animal-machine de Descartes, et à une conception souvent déterministe de la causalité : les mêmes causes produisent les mêmes effets (on oublie souvent le début de la proposition : dans les mêmes conditions). La théorie de l'animal-machine de René Descartes eut d'importantes répercussions sur la pensée médicale et l'émergence d'une médecine mécaniste, puis d'une médecine scientifique.
        Selon la médecine mécaniste, les phénomènes pathologiques observées par le médecin peuvent s'expliquer par des causes physiques Les deux principales caractéristiques de cette mutation, au sens de Bachelard, sont une destruction de l'idée de Cosmos (hiérarchisé en sphères, de la basse Terre aux Hautes Sphères Célestes confinant au divin), et une infinitisation du monde.
        Somme toute, c'est la vision du monde, de sa structure et de sa place dans l'Univers, qui changent assez brusquement. Comme tout bouleversement important, la révolution mécaniste a son histoire, laquelle mêle science, philosophie et théologie, opérant une transition entre la Renaissance et les Lumières.
      - L'organiscisme estime que l'être vivant est le produit d'une organisation particulière de la matière. Ce nom a été donné par Ludwig von Bertalanffy dans les années 1930, mais en fait cette conception est plus ancienne. C'est notamment celle que Lamarck développe dans la théorie sur l'être vivant dans sa Philosophie zoologique (1809).
  - - - débat des deux explications =/= de l'évolution: µ trad, hérité de Leibniz et Aristote =/= science moderne géritée de Descartes. deux visions ne sont pas si =/= car reviennent au même traitement évolution.: supposent que tout est donné d'emblée soit dans un but poursuivi en esprit / nat ou ds ensemble paramètre mat ds la nat où on pourrait déduire tt ce q adviendra (// déterminisme intégral de Laplace?)
    - - y oppose son ccpt *, pas de plan déjà prévu (effectivement prévu ou prévisible): évolution est iimprévisible et s'invente sans cesse sans que chemin que trace ne lui préexiste
    - - Bergson montre que la conscience la plus profonde, celle de la durée intérieure, est au fond le sentiment de la vie universelle ou de l’élan vital.
        Cette puissance dynamique est orientée dans un sens que notre instinct pressent plus que notre intelligence ne le comprend. Cet élan vital est assimilé à un jaillissement créateur de nature spirituelle et dont les retombées constituent la matière.
  - - - Le premier ouvrage est une recherche approfondie sur la nature et le sens de la notion de normalité en médecine et en biologie, mais aussi sur la production et l'institutionnalisation des connaissances scientifiques
      - Le deuxième est une étude à propos de la spécificité de la biologie en tant que science, la signification historique et conceptuelle du vitalisme, et la possibilité de concevoir l'organisme non pas sur la base de modèles mécanistes ou techniques qui permettraient de le réduire à une machine, mais plutôt de le considérer sous l'angle de sa relation avec le milieu où il vit, sa survie (et dès lors sa relation aux « erreurs » génétiques et à l'« anormalité ») dans ce milieu, et son statut au-delà d'une simple « somme des parties ». Canguilhem prend énergiquement parti dans ce sens, critiquant le mécanisme et soutenant le vitalisme de Thomas Willis. En effet, selon lui, une telle réduction priverait la biologie de son propre champ de recherches, en transformant selon un processus idéologique des êtres vivants en structures mécaniques incluses dans un équilibre physico-chimique inapte à rendre compte de la spécificité des organismes et de la complexité de la vie. Plus tard, dans Idéologie et rationalité et dans son Histoire des sciences de la vie, il développa ces critiques.
        
        https://fr.wikipedia.org/wiki/La_Connaissance_de_la_vie
        
        L'ouvrage est une étude de la constitution de la biologie comme science. Il se divise en trois parties, d'abord l'étude de la méthode en biologie, puis l'histoire de la théorie cellulaire, enfin les rapports entre la philosophie et la biologie.
        La thèse principale de l'ouvrage est que le vivant est irréductible aux lois physico-chimiques, et qu'il ne peut pas se comprendre comme une machine artificielle.
        
        la méthode biologique: s'interroge sur l'expérimentation en biologie animale, et explique qu'il y a quatre obstacles épistémologiques à la méthode biologique, c'est-à-dire quatre difficultés majeures qui résistent à l'établissement d'un savoir proprement biologique1. Il s'inspire tout particulièrement de Claude Bernard et de Bergson
        
        Le premier obstacle est celui de la « spécificité », et il se divise en trois : difficulté de généraliser d'une variété à une autre variété au sein d'une même espèce ; difficulté de généraliser d'une espèce à une autre ; enfin, difficulté de généraliser de l'animal à l'homme. Ce qui vaut pour une espèce animale donnée ne vaut pas forcément pour une autre ; par exemple le même organe pourra avoir une fonction différente chez deux espèces.
        
        Le deuxième obstacle est celui de l'« individualisation » : il est impossible d'avoir deux êtres vivants strictement identiques, ce qui entraîne une difficulté notable pour les comparer et en tirer des conclusions générales.
        
        Le troisième obstacle est celui de la « totalité » : une fonction biologique se comprend toujours au sein de l'organisme tout entier. Isoler une partie de l'organisme ne nous permet pas de connaître sa fonction exacte.
        
        Le quatrième obstacle est celui de l'« irréversibilité » : les êtres vivants évoluent, ils se modifient, donc ce qui est valable pour eux à un instant t ne sera pas forcément valable après un laps de temps donné.
        
        l'histoire de la théorie cellulaire: nsiste sur la nécessité de retracer l'histoire d'un concept scientifique (ici la cellule) pour mieux le comprendre2. Il met en garde contre la tentation de comprendre les phénomènes au moyen de l'analogie (// Bachelard) anguilhem défend l'idée que la théorie cellulaire aurait été « pressentie » par l'atomisme de Buffon et « anticipée » par la philosophie naturelle de Lorenz Oken4. Les deux auteurs, le biologiste et le philosophe, ont en commun de supposer l'unité de la nature vivante, unité qui découle d'un principe unique, qui sera nommé après eux « cellule ». L'unité de la nature est cependant une thèse métaphysique pour Canguilhem, elle ne découle pas directement des faits5. Cela montre que nos a priori métaphysiques conditionnent notre façon d'appréhender les faits, et peuvent déboucher sur des découvertes scientifiques ou au contraire stériliser la recherche.
        
        philosophie: ensemble d'articles????
        
        aspects du vitalisme:
        
        la machine et l'organisme, 2e article: La machine et l'organisme, Canguilhem interroge la comparaison entre deux représentations intuitivement séparées, et qui pourtant dans l'histoire de la philosophie sont très souvent associées. La perspective de l'auteur est la suivante : pour comprendre cette comparaison, il faut passer par une analyse du rapport entre science et technique. interroge tout au long de l'article le rapport entre l'animal et la machine qu'a pu établir Descartes, rapport qui a pu s'établir par l'intermédiaire de la figure de l'automate ou des organes-outils montrer que Descartes n'est pas un banal machiniste pour qui il y aurait une simple identité factuelle entre l'organisme et la machine. Il s'agit plutôt ici de détailler la manière dont Descartes place sur un même plan la création du corps humain par une origine divine et la création par l'homme de la machine, qui « doit recevoir d'ailleurs un mouvement qu'elle transforme ».
        Cette considération de l'intervention humaine dans la création des machines n'est pensable pour Canguilhem qu'à partir d'un dépassement de la séparation qualitative au sein de la pensée grecque entre théorie et pratique. Une liste de causes possibles à ce dépassement est proposée : développement des possibilités techniques, désinvestissement de la philosophie de la nature, déconsidération de l'esclavage (et donc du travail, lié à la pratique et à la technique), affirmation d'une différence radicale entre l'âme humaine et le reste du monde.... Dès lors, le monde de la technique étant considéré, c'est toute la question de la finalité dans la machine qui peut être réintégrée chez Descartes : la différence entre l'organisme et la machine ne se fait pas par leur réalité physique, mais par l'origine de l'attribution de la finalité, dans les deux cas création. L'analyse de cette tentative d'uniformisation du corps humain à partir du modèle de la machine, constitue selon Canguilhem un renversement crucial : si la finalité se retrouve également dans la machine, celle qui est à l’œuvre dans l'organisme n'est pas exactement la même. Autant la finalité machinale est donnée en amont et délimitée de manière précise (il n'y a pas de pathologique possible dans la machine), en tant qu'elle est uniforme, rigide, qu'on peut en remplacer les parties, elles-mêmes uniformes, sans en redéfinir la finalité totale... autant la finalité du vivant se caractérise par sa vicariance[Quoi ?] : le vivant est jugé par Canguilhem comme ayant : « moins de finalité et plus de potentialités »6. Canguilhem en conclut alors non pas à une différence radicale entre les deux réalités que sont l'organisme et la machine, mais à une sorte de transfert de finalité : la finalité plastique de l'organisme humain est susceptible d'être transférée dans la machine, dont le fonctionnement se fera alors relativement à cette fin déterminée et délimitée
        
        le vivant et son milieu
        
        Ce troisième article a pour ambition une sorte de généalogie de la notion de milieu. Canguilhem se donne comme programme l'identification du « départ commun »7 de cette notion afin d'en présenter la « fécondité »8. Pour ce faire, il analyse les différentes tendances qui en animent l'utilisation, comme élément explicatif non seulement dans la biologie, mais également dans la géographie.
- - - - le sujet évident semble être un sujet dialectique, qui pencherait plutôt sur la négative