La fecha de la fundación de los jesuítas y el hecho de que en España sólo las órdenes mendicantes hubiesen sido autorizadas a pasar a Indias explica su tardía presencia en América. De hecho, los jesuítas llegaron a Brasil 20 años antes que a la América española, cuando la Corona portuguesa les encomendó la evangelización de sus colonias americanas. Durante un tiempo, tanto el Vaticano como la Corona española se negaron a que los jesuítas fuesen a las colonias españolas. Un pedido en este sentido de 1538 fue denegado por el Papa y el Consejo de Indias rechazó en 1555 y 1558 la solicitud de dos virreyes del Perú de incluir jesuitas en sus séquitos. En 1565, bajo el reinado de Felipe II, comenzó a cambiar la actitud de la monarquía española hacia la orden y en 1566, el Consejo de Indias los incluyó en la nómina de las órdenes autorizadas a desempeñar su labor pastoral en Indias,aunque limitada a América del Sur. Desde Lima, los jesuitas se expandieron y también por Chile, Tucumán y Paraguay. Fínalmente, en 1571 Felipe II accedió a que se asentaran en México adonde llegaron al año siguiente. Su preparación, especialmente en el estudio de las lenguas indígenas les facilitó el desarrollo de su labor misionera en todo el continente. Alcanzó su máximo esplendor en sus famosas reducciones, también conocidas como misiones. Sin embargo, su labor no se concentro en la evangelización de los indígenas, ya que la educación tanto de indios como de criollos fue un elemento importante de su cometido. De ahí que colegios y universidades estuvieran vinculadas a sus conventos en las principales ciudades. En el colegio jesuita de Lima, por ejemplo, funcionó la primera imprenta peruana.